Që nga viti 1999 Malteser Shqipëri i ka kushtuar një vëmendje të veçantë krijimit të strukturave të specializuara të mbrojtjes civile, në mënyrë që të mund të kryejë detyra të niveleve dhe situatave me vështirësi të ndryshme. Si anëtar i Komisionit për Mbrojtjen Civile në Qarkun e Shkodrës, Malteser Shqipëri është e angazhuar në përmbushjen e detyrave të ndryshme, ku autoritetet lokale, rajonale dhe qendrore gjejnë profesionalizëm, organizim të mirë si dhe fleksibilitet. Skuadra e Ndërhyrjes së Shpejtë të Malteser përbëhet nga 10 persona (infermierë dhe paramedikë) të cilët shërbejnë në Mbrojtjen Civile 24 orë në ditë. Malteser Shqipëri i ka kushtuar një vëmendje të madhe krijimit të lidhjeve dhe bashkëpunimin me autoritetet dhe OJQ-të. Ajo është zgjedhur si anëtare e Komitetit të Mbrojtjes Civile në nivel prefekture në Shkodër dhe degët e saj.
Gjatë dimrit, Skuadra e Ndërhyrjes së Shpejtë të Malteser ka qenë në veprim gjatë Emergjencës së Përmbytjeve për të ndihmuar banorët e fshatrave dhe rrethinave të Shkodrës të përmbytura, me ushqim, materiale, ndihmë mjekësore etj.
Duke parë vështirësitë që popullsia po i ndesh në disa zona gjatë përmbytjeve në dimër, që në verën e vitit 2011 e në vazhdim, Malteser Shqipëri ka organizuar një fushatë sensibilizimi për masat të cilat duhet të ndërmerren nga banorët në rast përmbytjeje. Kjo fushatë sensibilizuese është mbështetur gjithashtu edhe nga specialistët e Drejtorisë së Shëndetit Publik të Shkodrës. Janë organizuar takime informuese mbi emergjencat gjatë përmbytjeve në 10 shkolla, 8 Qendra Shëndetësore dhe në fshatrat e prekur. Malteser Shqipëri ka publikuar tri lloje fletëpalosjesh informuese, duke shpërndarë 3000 fletëpalosje dhe janë trajnuar rreth 900 vetë. Përmes këtyre takimeve informuese vullnetarët tanë të Malteser kanë pasur si qëllim që t’i sensibilizojnë këto komunitete për situata të tilla.
Tërmeti në Durrës në nëntor 2019 me ngritjen e stacioneve të ndihmës së parë pranë aneksit të stadiumit të Durrësit “Niko Dovana” si dhe në Thumanë, duke ofruar shërbim me mjekë dhe infermierë vullnetarë dhe barna falas. Edhe Malteser Albania ndihmoi duke sjellë ekspertizën të ekipeve të specializuara për vlerësimin e nevojave nga Malteser Itali në bashkëpunim të ngushtë me Mbrojtjen Civile Kombëtare Italiane. Gjithashtu gjatë ditëve të para ekipet e Malteser Shqipëri kanë asistuar ekipet e kërkim-shpëtimit.
Disa nga shërbimet e tjera të ofruara janë:
• Aktivitete sociale dhe argëtuese për fëmijët në kampin e ngritur në Vorë, Sukth dhe Laç.
• Ndihma humanitare (pako ushqimore dhe higjienike) për komunitetet e prekura në: Laç, Durrës, Lezhë, Thumanë, Vorë.
• Këshillim psikologjik, takime informuese, trajnime dhe tryeza të rrumbullakëta me trajnerë të huaj dhe vendas.
Pandemia e COVID-19 vazhdon të jetë situata e fundit ku strukturat e mbrojtjes civile të Malteser Shqipëri janë të përfshira në ofrimin e ndihmës humanitare, këshillim mjekësor dhe mjekim falas, këshillim psikologjik, asistencë teknike komunitare për procedurat e mbrojtjes (lejet e daljes, etj.) .